TIPS (MD)

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-&bold(){エネルギー極小化(Minimization)計算は、溶質分子などに固定を行うなどして、二段階に実行する必要があるか。} --PTRAJやVMDで発生させる水は規則正しく並んでいて、溶質分子を加えると配置を大きく変える(お互いに与える影響が大きい)。 --パッキングされていないようなリガンドは、その影響を受けやすく構造がかなり変化してしまう。 --また、水だけを先に収束させておくことにより、全体的に収束が早まる。
-&bold(){エネルギー極小化(Minimization)計算は、溶質分子などに固定を行うなどして、二段階に実行する必要があるか。} --PTRAJやVMDで発生させる水は割と規則正しく並んでいて、溶質分子などによって環境が変わると、水分子の配置は大きく変わる。 --何も拘束をかけずにエネルギー極小化計算を行うと、溶質分子の構造はそれなりにずれる。 --特にパッキングされていないようなリガンドは、その影響を受けやすく構造がかなり変化してしまう。 --水だけを先に収束させておくことで、元の構造を割と保ったままエネルギー極小化計算が行える。 --また、水だけを先に収束させておくことにより、全体的に収束が早まる気もする。

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