TIPS (MD) - Junya Yamagishi's Wiki

• エネルギー極小化(Minimization)計算は、溶質分子などに固定を行うなどして、二段階に実行する必要があるか。
  • PTRAJやVMDで発生させる水は割と規則正しく並んでいて、溶質分子などによって環境が変わると、水分子の配置は大きく変わる。
  • 何も拘束をかけずにエネルギー極小化計算を行うと、溶質分子の構造はそれなりにずれる。
  • 特にパッキングされていないようなリガンドは、その影響を受けやすく構造がかなり変化してしまう。
  • 水だけを先に収束させておくことで、元の構造を割と保ったままエネルギー極小化計算が行える。
  • また、水だけを先に収束させておくことにより、全体的に収束が早まる気もする。